Jadwal di Stasiun Bogor, Rabu (26/12/2012), jadi terganggu setelah kereta pukul 06.30 WIB mogok. Kereta tersebut lalu dikembalikan ke dipo Stasiun Depok untuk diperbaiki.
Akibat mogoknya kereta tersebut, KA Ekonomi jurusan Bogor-Tanah Abang yang dijadwalkan berangkat pukul 07.20 WIB dan KA Ekonomi 607 jurusan Bogor-Jakarta pada pukul 07.44 WIB batal berangkat. Sebab tak ada rangkaian yang masuk ke Stasiun Bogor.
Tak tahan lama menunggu, sebagian penumpang memilih naik angkutan umum lainnya. Jumlah penumpang yang bertumpuk di stasiun sedikit demi sedikit berkurang setelah kereta api jam sembilan masuk dan mengangkut semuanya.
Kereta api rute Jakarta-Bogor sempat mengalami gangguan saat terjadinya tanah longsor di Desa Cilebut Timur, Kecamatan Sukaraja, Bogor. Sejumlah pekerja bergotong-royong memperbaiki jalur rel kereta yang longsor. Setelah uji coba baru satu jalur, barulah pada 13 Desember 2012 rel ganda di jalur tersebut bisa digunakan kembali.